1991年8月公司更名为万通公司，他们高息借贷1000多万元炒房地产，在海南省第二波经济热潮中半年多赚取一千多万元。那时潘石屹通过炒房、炒地已经挣到了他自己的第一个100万元。潘石屹看到房地产为他带来的巨大利润并没有钻到钱眼中去，他还始终保持着冷静的头脑和锐利的洞察力。仅一年后，一个偶然的发现，让他放弃了在海南继续靠房地产“淘”金的计划，因为总人数不过655.8万人的海岛上竟然出现了两万多家房地产公司，短短三年时间房价增长超过了4倍，海南的房地产市场已经出现了巨大的泡沫，他意识到“海南的房地产要出事了”。而且他发现海口市在建人均住房面积已达50多平方米，而同期北京人均住房面积才7平方米，北京的房地产业存在很大的开拓空间。
回到北京之后，他和其他人合作共同创建了北京万通实业股份有限公司，在北京开发出一系列房地产项目，包括北京万通新世纪广场、中国国际航空公司大厦、北京万通理想世界(现改名为新城国际)等。万通新世纪广场的项目为他在北京的长久发展，打响了最响亮的一炮。当初万通新世纪在阜成门开盘时，在香港利达行主席邓智仁成功的广告和定价政策销售下，万通新世界广场卖到当时市价的三倍，潘石屹因此获得了大量的资产。