杨秀清的东王府在规制上稍逊于洪秀全的天朝宫殿。东王入城之初，居聚宝门内江宁藩署（今瞻园），随即迁往明故宫（即满城）的江宁将军署。后因离东门清军江南大营过近，“惧城外炮子飞入”，又迁汉西门地势较高的黄泥冈一带，在前山东盐运使何其兴宅的基础上进行了改建和扩建。东王府四周同样有高大的黄色围墙。大门东侧为承宣厅，西侧为参护厅。大门外还有大鼓一面，专供民间告状之用。有事无论大小，皆于门前击鼓，内中即有女官出问。时人曾有诗嘲讽：“制军署作天王府，黄泥冈作东王府。东西对峙相抗衡，不辨谁臣又谁主？”
北王、翼王以及已去世的西王、南王等，也各有府第，但规制要小得多，基本上是利用原有的大户人家的宅院。太平天国的王侯所居，都称为“府”，所以民间也有将天王洪秀全的“天朝宫殿”误称为“天王府”者。官员所居，则称为“衙”。其他均称为“馆”。
太平天国实行军师负责制。军师是“朝纲之首领”，也即政府的首脑。因此，供职于天朝宫殿的数千朝内官，没有一员是管理行政的；而东王以下各王府，却均有六部之设。东王府的吏、户、礼、兵、刑、工六部，每部有尚书12人。北王府每部有尚书6人，翼王府每部有尚书1人。后来增封的燕、豫二王，则有六部书之设。侯爵以下，也有六部掌书之设。建都天京后，军政各务日繁，制度大备，所设职官日多，但办事效率极高。一般政事，通常由侯相商议停妥，具禀于翼王，不行则寝其说，行则代东王写成诰谕，差翼王府参护送东王府挂号传进，盖印发出后，即由东王府参护送北王府登簿，再送翼王府汇齐，由佐天侯发交疏附官分递各处。“虽层层转达，而毫无窒碍，曾于一日之内发谕至三百件之多。”如北伐军主将林凤祥等人的军情禀报，于1853年5月28日送达南京，杨秀清“午刻接阅”，当日即发出复谕。